O Conselho Consultivo da Floresta Nacional de São Francisco de Paula, foi instituído através da Portaria n° 79/2004, de 18 de Agosto de 2004,  com a finalidade de contribuir com as ações voltadas ao planejamento e desenvolvimento da Unidade de Conservação, principalmente no que concerne à implantação e implementação do seu Plano de Manejo e ao cumprimento dos seus objetivos de criação. 

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O Conselho da Floresta Nacional de São Francisco de Paula é composto por representantes dos seguintes órgãos e entidades da administração pública, do setor privado e de organizações não governamentais:

Chefe da FLONA de São Francisco de Paula;

Floresta Nacional de Canela;

Estação Estadual Ecológica Aratinga;

Secretaria de Meio Ambiente e Infraestrutura do Estado do Rio Grande do Sul - SEMA/RS; 

Prefeitura Municipal de São Francisco de Paula;

Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFGRS;

Universidade Federal de Pelotas - UFPEL;

Universidade Federal de Santa Maria - UFSM;

Universidade Estadual do Rio Grande do Sul - UERGS;

Universidade FEEVALE;

Universidade do Vale do Rio dos Sinos – UNISINOS;

Escola Municipal de Ensino Fundamental Gastão Englert;

Associação Ecológica Canela Planalto das Araucárias - ASSECAN; 

Centro de Pesquisas e Conservação da Natureza Pró-mata;

Associação de Moradores;

Associação dos Servidores do Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis no Rio Grande do Sul - ASIBAMA/RS; 

Associação Gaúcha de Empresas Florestais - AGEFLOR; 

Sindicato Rural de São Francisco de Paula;

Sindicato Intermunicipal das Indústrias Madeireiras - SINDIMADEIRA;